1) Под дочерними и выполняется, главному абсолютно всё-равно.2) Прописаны пути к логам и тд - они работают, не работают только расширения.3) Я пробовал.И там написано про то что у параметра chroot должен быть указан абсолютный путь, что и так есть.Проблема решена, указал extension_dir( "/ext" ) в php.ini и всё заработало, походу баг.